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だまんです。

プログラミングや写真や本や読書会のことや、日常のこと。

Rの準備——情報検索とランキングのための(右往左往)

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それにしても、Rわすれすぎ、まじで初心者レベル以下すぎて泣ける。

僕の前年度までの研究室は、先生が転職されていなくって、ラボごとなくなりました。
今年度は、なんか行列行列ベクトルベクトルなかんじのようです。


まえにいれたRのバイナリが、もう古いみたいなのでlatest=2.11.0に
cf. http://aoki2.si.gunma-u.ac.jp/R/begin.html


なんかCRANのミラー選択で、とりあえず東大にしたら、どうも相性が悪いらしくinstall.packagesが失敗する。毎度毎度

install.packages("ctv", contriburl="http://cran.md.tsukuba.ac.jp/bin/macosx/leopard/contrib/2.11")

とかってやるのは、めんどくさい。よく考えるとなんか設定があるはずだ。→GUIだとRの「環境設定」から、起動のところでデフォルトのCRANというのをtsukubaに変更。


なに入れたらいいかわかんなくて、syou先生とか便所先生とかmickey先生とかのブログ見たりググったりしつつ

install.packages("ggplot2")
install.packages("ctv")

後者はhttp://www.okada.jp.org/RWiki/?CRAN%20Task%20Viewこれなんだけど、まだそこまでする必要なかったみたい。

igraphパッケージでかんたんな有向グラフの画像を得る

http://cytoscape.seesaa.net/article/47154734.html
というのをみて、なんだ、igraphっての一発か、と知る。

install.packages("igraph")

めも:install.packages("igraph")がはじめなぜかできなくて、手動で入れたらエラーが出て…とかいうどつぼにはまったときに:
パッケージは、まほうのことば「remove.packages(igraph)」で消せます。
再度やったらうまくいった。ネットの不調だったのかしらん。


さて、グラフ理論のグラフといったら丸と矢印のアレですね。とりあえずアレ、plot()に渡すだけで描けるらしいよ。
cf.

> g <- graph(edge, directed=FALSE)
> edge <- c(0,1, 0,2, 0,3, 1,2, 2,2, 1,3, 1,3)
> g <- graph(edge, directed=FALSE)
> g
Vertices: 4 
Edges: 7 
Directed: FALSE 
Edges:
          
[0] 0 -- 1
[1] 0 -- 2
[2] 0 -- 3
[3] 1 -- 2
[4] 2 -- 2
[5] 1 -- 3
[6] 1 -- 3
> plot(g)

ってかんじで*1

ほら、有向グラフをプロットした画像が得られた。
it's so easy!
このやりかたではエッジの組をそのまま入れています。

*1:Rのコンソールで「>」はプロンプトで、「+」は前の行のつづきを表すプロンプト。なにも無い行は出力

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